يُجري معهد وادي عربة عدّة أبحاث متقدمة حول القضايا والفرص العابرة للحدود التي تتقاطع مع مجالات متعلّقة بالبيئة. وبصفته المؤسسة الرائدة في مجال الأبحاث البيئية متعددة التخصصات في المنطقة، يجذب معهد وادي عربة قادة إقليميين ودوليين في هذا المجال للعمل جنبًا إلى جنب مع العلماء والطلاب. 

تُقسم الإدارات البحثيّة إلى مشاريع دعم ذاتي يقودها عضو هيئة تدريس ويدعمها فريق من الأساتذة الباحثين والمتدربين. يمكن للطلاب المشاركة في مركز الأبحاث من خلال مشاريعهم البحثية المستقلة في إطار المساق. المشاريع البحثية متنوعة، تجمع ما بين العلوم الطبيعية والاجتماعية لدراسة مجموعة من القضايا البيئية.